ماجرای هواپیمای اوکراینی و بیان آن در این برهه زمانی در یک گفت‌وگو از جانب شمخانی، اما روایتگر داستان قدیمی اختلافات حسن روحانی و دولت اش با علی شمخانی است.
شخص روحانی و محمود واعظی در سال‌های اخیر در برخی گفت‌وگوها از عملکرد شمخانی در دولت دوازدهم مسائلی را با لحن انتقاد گونه نقل کردند.
چند ماه پیش محمود واعظی رییس دفتر رییس دولت یازدهم و دوازدهم در گفت‌وگویی با پایگاه خبری انتخاب بیان و تاکید کرده بود که «دبیرخانه وقت شورای عالی امنیت ملی (علی شمخانی) به صورت عجیبی در تنظیم و تصویب قانون اقدام راهبردی مجلس که روحانی مخالف آن بود، نقش داشت. دولت هم اطلاعی در این زمینه نداشت و آقای روحانی از ابتدا مخالف آن بود.
در فیلمی که انتخاب از این گفت‌وگو منتشر کرده، محمود واعظی درباره تغییر شمخانی نیز می‌گوید: روحانی چند بار نظرش را به رهبری منتقل کرد که فرد دیگری دبیر شود، اما رهبری گفتند فعلا باشد.
واعظی همچنین در بخش دیگری از این گفت‌وگو تاکید می‌کند که در زمان مذاکرات برجام، شمخانی قرار بود اجازه یک امضا را بگیرد و به ظریف در وین منتقل کند، اما نتوانستیم اساسا او را پیدا کنیم. چند جایی که قرار بود شمخانی کارهایی را انجام دهد، یا نمی‌شد پیدایش کرد یا اینکه از زمانش می‌گذشت.
علی شمخانی در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی شد. روحانی در کتاب خاطرات خود که در اواخر مردادماه سال گذشته منتشر شد، نوشته است که «رهبری ابتدا با انتخاب دریابان علی شمخانی به‌عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی مخالف بوده است». او همچنین افزوده که خودش هم بعد از این انتصاب «پشیمان» شده، اما راه بازگشت مناسبی وجود نداشته است.
ماه سال گذشته بود که شمخانی با بیان این که «من هنوز مسئول پرونده هسته‌ای» هستم واکنش‌های زیادی را به سمت خود جلب کرد.
این اظهارات البته با واکنش محمدجواد ظریف نیز همراه شد. ظریف در این باره تاکید کرد که «در دوران ما، آقای شمخانی به عنوان دبیر شورایعالی امنیت ملی هماهنگی عملیاتی را بر عهده داشتند. مذاکره در اختیار وزارت خارجه بود.»
وی افزود: فکر می‌کنم هنوز هم مذاکرات بحث هسته‌ای در اختیار آقای دکتر عراقچی که هم سابقه بسیار خوبی دارند هم مورد اعتماد مقام معظم رهبری هستند، باشد.
در همین گفت و گوی خبرساز شمخانی البته اظهارات دیگری را هم مطرح می‌کند که با انتقاد طیف وسیعی از اصولگرایان و چهره‌های سیاسی مواجه شد. او تاکید کرده بود «من نه به احمدی‌نژاد رای دادم، نه به رئیسی، نه به روحانی رای دادم، هیچ وقت. اما به پزشکیان رای دادم ... به هیچ کدام از آن روسای جمهور رای ندادم. آدم‌های رقیبشان مناسبت‌تر بود.»